Bağırsak florası insan sağlığı için hayati rol oynar. Besinlerle ya da suyla bağırsaklara gelen istenmeyen bakteriler bağırsak florası sayesinde hastalık oluşturamaz. Bu özellik bağırsak florasının çeşitliliğinden ve bağırsak mukozasındaki bakteriyel alanın yoğunluğundan kaynaklanır. Bağırsak bakterilerinin başka bir avantajı da çoğunun antibiyotik benzeri maddeler üretebilmesidir. Böylece ya istenmeyen bakterilerin öldürülmesini sağlar ya da istenmeyen bakterilerin çoğalmasını engeller.
Bağırsak bakterilerinin (bağırsak florasının) ikinci önemli fonksiyonu; bağırsak ile ilişkili bağışıklık sistemi için yaşam boyu iletişim halinde olmak ve ortak olarak fonksiyon göstermektir. Sürekli olan bu karşılıklı bilgi alışverişi, immün sistem hücrelerinin zararlı ve faydalı bakterileri ayırt etmesini sağlar. Böylece yabancı bakteri geldiğinde kolaylıkla elimine edilmiş olur. Aşırı immünolojik reaksiyonlar da bu sayede önlenmiş olur.