Çölyak hastalığı insanları çok değişik şekillerde etkilemektedir. Bazı insanların belirtileri çocuklukta, bazılarınınki ise yetişkin yaşlarda görülmektedir.
Çölyak hastalığının oluşumunda rol oynadığı düşünülen faktörlerden birisi de, kişinin anne sütüyle ne kadar zaman beslendiğidir. Uzun süre anne sütüyle beslenen kişilerde, çölyak hastalığının belirtileri daha geç ortaya çıkmaktadır. Diğer bir faktör ise gluten içeren yiyeceklerin hangi yaşta yenilmeye başlandığı ve ne miktarda gluten yenildiğidir. Belirtilen sindirim sisteminde var olabilir ya da olmayabilir. Örneğin bir kişide ishal ve karın ağrısı olabilirken, diğer bir kişide aşırı sinirlilik, öfke veya depresyon olabilmektedir. Aslında aşırı öfke ve sinirlilik çocuklarda görülen en yaygın belirtilerden birisidir.
Çölyak hastalığında aşağıdaki belirtilerden bir yada birkaçı birlikte bulunabilir :